Nato a Torgiano (Pg), si diploma giovanissimo al Conservatorio Francesco Morlacchi di Perugia. Si è subito imposto tra i più prestigiosi interpreti contemporanei per il suo strumento. Autentico innovatore della tecnica clarinettistica, ha presentato numerosissime prime esecuzioni assolute, alcune tra queste dedicategli da Bussotti, Donatoni, Gentile, Gentilucci, Morricone, Nono, Rihm, Renna, Sciarrino, Sulpizi e dalla maggior parte dei giovani compositori europei, che hanno scritto per lui oltre duecento opere per clarinetto; è stato il clarinettista prediletto, fra gli altri, di Luigi Nono e Giuseppe Sinopoli. Di particolare rilievo è stata la sua collaborazione per lungo tempo con Luigi Nono presso lo Studio Sperimentale "Strobel" di Friburgo. Numerosissime le incisioni discografiche (Ayna, Edipan, Ricordi, Fonit Cetra, S.M.C., RZ Berlin, Bongiovanni, Nuova Era, Col legno, Hyperprism/Edizioni) e le registrazioni radio e televisive per la Rai, Radio France, BBC, Sudwestfunk. Autore di vari scritti sul clarinetto, negli ultimi anni ha edito un importante metodo didattico distribuito in tutto il mondo da Casa Ricordi. Negli ultimi anni di vita si è dedicato anche alla composizione. In questo campo merita segnalazione il brano per clarinetto e archi Elegia per Danny in memoria di Danny Purcell, giovane vittima di un rarissimo morbo; brano che gli valse, nel 2003, il primo premio al concorso di composizione indetto dall'Orchestra sinfonica di Sanremo. Ha fondato a Umbertide l'Associazione "Novo Prometeo" con la quale intendeva appofondire la valorizzazione della musica dei nostri giorni. È scomparso improvvisamente e prematuramente nell'autunno del 2006.
La vita di Scarponi è narrata nel libro biografico che gli ha dedicato uno dei suoi più fedeli collaboratori, Stefano Ragni: La musica dell'aria: suono e luce nel clarinetto di Ciro Scarponi (Perugia, 2012).